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電泳后,核酸需經(jīng)染色才能顯色出帶型,常用以下核酸染色劑:
1、溴化乙錠(ethidiumbromide,EB)最常用的核酸熒光染料,可嵌入核酸雙鏈的配對(duì)堿基之間,在紫外線(xiàn)激發(fā)下,發(fā)出桔紅色熒光。EB-DNA復(fù)合物中的EB發(fā)出的熒光,比游離的凝膠中的EB發(fā)出的熒光強(qiáng)度大10倍,因此無(wú)需洗凈背景即可清楚觀(guān)察核酸帶型。若EB背景太深,可將凝膠浸泡于1mmol/LMgSO4中1h或10mmol/LMgCl2中5min,使非結(jié)合的EB褪色,這樣可檢查到10ng的DNA樣品,EB也可用于檢測(cè)單鏈DNA或RNA,但其對(duì)單鏈核酸的親和力相對(duì)較小,熒光產(chǎn)率也相對(duì)較低。在凝膠或電泳緩沖液中加入終濃度為0。5μg/ml的EB,染色可在電泳過(guò)程中進(jìn)行,能隨時(shí)觀(guān)察核酸的遷移情況。但EB帶正電荷,嵌入堿基后增加了核酸分子的剛性,使遷移率減慢,故不宜用于測(cè)定核酸分子量的大小,這時(shí)應(yīng)在電泳后將凝膠浸入0。5μg/ml的EB水溶液中10min進(jìn)行染色。EB見(jiàn)光易分解,應(yīng)于4℃避光保存
2、吖啶橙(acridineorange,AO):吖啶橙可嵌入雙鏈核酸堿基對(duì)之間,在254nm紫外線(xiàn)激發(fā)下發(fā)出530nm的綠色熒光;還通過(guò)靜電與單鏈核酸的磷酸基結(jié)合,在254nm紫外線(xiàn)激發(fā)下產(chǎn)生640nm的紅色熒光。因此可區(qū)分單鏈和雙鏈核酸,靈敏度分別為0。1μg和0。05μg。但吖啶橙的染色操作要求嚴(yán)格,應(yīng)在22℃,0。01mol/L磷酸鈉緩沖液(pH7。0)中避光浸泡30min,然后在搪瓷盤(pán)中用該緩沖劑4℃脫色過(guò)夜或22℃脫色1~2小時(shí)
3、銀(Ag+)試劑:Ag+與核酸形成穩(wěn)定復(fù)合物,然后用甲醛使Ag+還原成銀顆粒。AgNO3等試劑可使聚丙烯酰胺凝膠上的單鏈,雙鏈DNA及RNA都染成黑褐色。銀染法的靈敏度比EB染色高200倍左右,比亞甲藍(lán)染色高100~1000倍,在小于0。5mm厚的凝膠中,能檢測(cè)出0。5ng的RNA,其缺點(diǎn)是專(zhuān)一性不強(qiáng),能與蛋白質(zhì),去污劑反應(yīng)也產(chǎn)生褐色,而且對(duì)DNA的染色定量不準(zhǔn)確。銀與DNA穩(wěn)青秀合,對(duì)DNA有破壞作用,不適于DNA片段回收的制備
4、亞甲藍(lán)(methyleneblue)可將RNA染成藍(lán)色,但靈敏度不高,而且操作時(shí)間長(zhǎng)。染色過(guò)程:膠浸泡于0。02%的亞甲藍(lán),10mmol/LTris-Ac(pH8。3),4℃放置1~2h,用凈水洗5~8h(反復(fù)換水),帶型肉眼可見(jiàn),最低檢測(cè)量為250ng
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